Oczami słynnego hiszpańskiego malarza Francisco Goi oglądamy burzliwą i barwną historię rozgrywającą się na przełomie XVIII i XIX w. w Hiszpanii. Jest to czas historycznych turbulencji, gwałtownych niepokojów i cierpienia. Podczas gdy hiszpańska Święta Inkwizycja umacnia swoją pozycję i zaostrza walkę z heretykami i wyznawcami liberalnej myśli oświeceniowej, we Francji wybucha rewolucja, a kilka lat później do Hiszpanii wkracza Napoleon pod sztandarami Wielkiej Rewolucji Francuskiej i wyzwolenia ludu z ucisku monarchii i Kościoła.
Na tle tych burzliwych wydarzeń śledzimy losy ojca Lorenzo (Javier Bardem), zagadkowego członka Świętego Oficjum, zafascynowanego młodziutką muzą Goi – Ines (Natalie Portman), która na skutek fałszywego oskarżenia o herezję uwięziona zostaje w lochach Świętej Inkwizycji. Obserwatorem i katalizatorem zdarzeń jest Francisco Goya (Stellan Skarsgard), nadworny malarz królewski, który żyjąc z portretowania wpływowych ludzi, „po godzinach” z pasją uwiecznia zwyrodnienia Inkwizycji, okrucieństwa wojen, barbarzyństwo i głupotę ludzką.